KTTKS 论文重建分支 · 数据截至 2026-08-18
已从作者资产与稳定 SC 脂膜出发，完成一个含 4 条 KTTKS 的 100 ns 吸附案例，并将选定结合肽推进到 7 个约束位置、逐窗口 40 ns 模拟、力自相关分析与一维扩散时间模型。
Gate 0–7 已贯通
1 个独立吸附体系
1 条 D(z) profile
论文引导重建，非作者逐文件复刻
不含 PMF / 严格通透系数 P
膜内平均扩散系数
0.531×10⁻⁶ cm²/s
1000 ps ACF 截止；本次重建
相对论文 KTTKS 值
3.494倍
论文值 0.152 ×10⁻⁶ cm²/s
约束采样总量
280ns
7 个窗口 × 40 ns；末 10 ns 取力
水通道审计
6 / 147帧
稀疏抽帧；需要作为结果限制保留
计算流程与 Gate 状态
从输入审计到论文式扩散时间模型的可追溯链路
GATE 0
预检与冲突审计
资产清单、SHA-256、论文—文件冲突
PASS
GATE 1
SC 脂膜恢复
57,730 原子；厚度与水完整性验证
PASS
GATE 2
KTTKS 准备
84 原子、净电荷 0、拓扑闭合
PASS
GATE 3
4 肽放置
3 套构型已建；选 1 套进入生产
PASS
GATE 4
100 ns 吸附
单体系无偏 MD；KTTKS 2 被选中
CONDITIONAL PASS
GATE 5
7 个约束窗口
k=2000；每窗口 40 ns
COMPLETE
GATE 6
力 ACF 与 D(z)
作者脚本回放 + 时间感知审计
COMPLETE / SENSITIVE
GATE 7
一维扩散模型
FTCS；接收端边界敏感性
RECONSTRUCTED
体系基线
作者文件支持的化学定义与本次恢复后的结构质量
SC 脂膜组成
- ARAP33
- CER240100
- STEP33
- PALP34
- CHL1100
- TIP3 水10,612
脂膜恢复质量
总原子数57,730
温度310.1 K
密度972.1kg/m³
- 极性重原子峰间距4.5747 nm
- 论文膜厚4.54 nm
- 叶间穿越0 / 300
- 平衡膜水通道0 / 1503 帧
KTTKS 化学模型
- 序列KTTKS
- 残基 / 原子5 / 84
- 分子质量563.6566 Da
- 净电荷0.0000 e
- N / C 端NH₂ / COOH
- 输入构象作者 10 ns PDB
100 ns 吸附模拟：4 条肽的行为
同一盒中的 4 条肽是相关观测，不等价于 4 个独立重复
| 肽 | 接触比例 | 最长事件 | 100 ns 最小距离 | 末帧接触 |
|---|---|---|---|---|
| KTTKS 1 | 76.4% | 14.2 ns | 0.469 nm | 0 |
| KTTKS 2 · 选中 | 78.8% | 28.5 ns | 0.286 nm | 31 |
| KTTKS 3 | 59.0% | 13.5 ns | 0.440 nm | 1 |
| KTTKS 4 | 49.5% | 9.4 ns | 0.918 nm | 0 |
选肽依据
KTTKS 2 在 100 ns 末帧是唯一明确头基结合的肽：膜最小距离 0.286 nm、31 个总接触、21 个极性接触、1 个氢键；选择依据是末帧结合状态，不是“接触时间最长”这一项单独决定。
约束窗口与位置依赖扩散系数 D(z)
横坐标使用 30–40 ns production 的实际平均 q，而非目录名中的名义位置
| 窗口 | 实际 q / nm | D / 10⁻⁶ cm²·s⁻¹ | 通道帧 |
|---|---|---|---|
| q0p0 | 0.191 | 0.347 | 0 / 21 |
| q0p5 | 0.795 | 0.113 | 5 / 21 |
| q1p0 | 1.169 | 0.975 | 0 / 21 |
| q2p0 | 2.239 | 0.487 | 0 / 21 |
| q2p3 | 2.424 | 0.525 | 1 / 21 |
| q2p8 | 2.891 | 0.371 | 0 / 21 |
| q4p0 | 4.021 | 6.970 | 0 / 21 |
温度310 K
约束力常数2000kJ·mol⁻¹·nm⁻²
取力间隔1 ps有效分析间隔
论文给出 40 ns/位置、末 10 ns 取力与 k=2000；精确窗口列表、拉伸速度、参考组和被删除脂质编号未公开，本次均为可审计重建。
力自相关积分：截止时间敏感性
同一窗口在不同积分上限下得到不同 D；1000 ps 是作者历史设置，不等于已证明存在稳定平台
作者方法已直接回放
原始 Extract_force.py 与 Compute_diffusivity.py 已在新生成的约束力数据上逐窗口运行。
有限 k 与精确约束存在歧义
论文公式描述 constraint-force estimator，但方法同时给出有限谐和力常数 k=2000；当前按有限 k 重建。
仅一条 profile
论文对每种肽使用两个独立位置的 profile 并取平均；当前没有 n=2 与标准误。
一维扩散时间模型
膜厚 4.6 nm、常数 D、FTCS；比较论文 D 与本次 D，并显式展示接收端边界差异
边界条件判断
- 论文 KTTKS 表值：D = 0.152 ×10⁻⁶ cm²/s，报告半时间 186 ns。
- 吸收边界 + 归一化出口通量给出 193.2 ns，与 186 ns 接近。
- 反射边界 + 接收端浓度给出 527.3 ns，却更接近论文文字所描述的“浓度升至 1”。
- 因此论文文字与数值之间存在未解决的不一致；由于原 MATLAB 代码未公开，不能宣称唯一复现。
本次 D · 吸收边界55.3 ns
本次 D · 反射边界150.9 ns
论文报告186 ns
结论、边界与下一步
哪些已经可以复用，哪些仍必须在新肽上重新验证
已打通：KTTKS 单案例计算链
结构与拓扑 → SC 脂膜 → 4 肽吸附 → 选肽 → 拉伸构型 → 7 个约束窗口 → 力 ACF → D(z) → 平均 D → 论文式扩散时间。
结果可解释，但数值尚非强验证
本次平均 D 是论文值的 3.494 倍；ACF 截止敏感，且只有一条 profile。应增加独立 profile、平台判据和误差传播。
尚未得到严格膜通透系数
论文分支未计算 PMF 或水—膜分配自由能，因此当前输出是 D(z)、平均 D 和简化时间尺度，不是严格 permeability P。
可复用的核心资产
脂膜恢复与验证框架、吸附分析定义、窗口审计、分段轨迹归一化、作者脚本回放、时间感知 ACF 与 FTCS 边界敏感性。
换肽时必须重新确定
端基与质子化、环化/二硫键/脂化拓扑、COM 原子选择、初始吸附构型、拉伸速度、窗口覆盖、局部膜缺陷与 ACF 收敛。
工程化仍需完成
当前若干路径、组名、84 原子 KTTKS 定义与 7 窗口网格仍是案例专用；需配置驱动后才能实现“替换肽输入即可运行”。
数据来源：本项目 Gate 0–7 报告、author/file provenance、吸附分析 CSV、约束窗口清单、audited_D_summary.csv、D_profile_summary.json 与 boundary_sensitivity.csv。状态标签含义：Paper-supported 为论文明确；File-supported 为作者文件或本次计算产物直接支持；New reconstruction 为论文缺失步骤的审计式重建。页面不把推断当作作者事实。