分子动力学 · 环肽穿膜
Cyclic-peptide-X 膜内位置依赖扩散系数研究
论文方法链已在 KTTKS 单案例上贯通，并已迁移至 Cyclic-peptide-X：完成吸附、偏置路径、7 个约束窗口、力自相关、位置依赖扩散系数与一维扩散时间模型。
建议决策
可进入"独立重复验证"，暂不对外宣称严格通透率
当前结果证明流程可运行；统计稳健性和 PMF/分配自由能仍未补齐。
EXECUTIVE SNAPSHOT
关键指标一览
计算链状态2 个案例贯通
KTTKS 方法重建 + CXP 新肽迁移。
KTTKS 重建平均 D5.31×10⁻⁷
cm²/s；论文表值为 1.52×10⁻⁷。
CXP 膜内平均 D6.41×10⁻⁷
cm²/s；|z|=0–2.3 nm，单条 profile。
证据等级探索性
一个吸附 realization、一个 D(z) profile。
KEY RESULT
膜内平均扩散系数对比
对数纵轴；单位 cm²/s。
关键数值
论文 KTTKS 表值1.52×10⁻⁷ cm²/s
KTTKS 重建值5.31×10⁻⁷ cm²/s
Cyclic-peptide-X6.41×10⁻⁷ cm²/s
KTTKS 数值复现未达到作者值一致
方法可执行性已验证
KTTKS 重建值约为论文表值的 3.49 倍。论文未公开精确窗口列表、拉伸速度、约束/弹簧解释与分析代码细节，因此差异必须保留为方法学不确定性。
TRAJECTORY VISUALIZATION
偏置穿膜路径关键帧
从水相吸附到膜内牵引的 VMD 渲染关键帧。
说明：本页面为静态展示版，包含全部数据图表与关键帧图像。完整交互视频（播放/拖动/窗口跳转 + 实时指标联动）需在本地部署环境中查看。
POSITION-DEPENDENT DIFFUSIVITY
两个案例的 D(z) profile
横坐标使用每个 40 ns 窗口最后 10 ns 的实际平均 q；纵轴为对数尺度。
7 个点不是连续穿膜轨迹，而是从偏置路径抽取起始构型后分别运行的约束窗口。膜内平均值按 |z|=0–2.3 nm 插值积分获得。
DIFFUSION TIMESCALE
边界条件决定"半时间"的数值含义
常数 D 的一维扩散时间尺度，不是严格 permeability coefficient。
现有证据
论文 KTTKS 报告值186 ns
论文 D 重算 · 吸收边界193.2 ns
KTTKS 重建 D · 吸收/反射55.3 / 150.9 ns
CXP 重建 D · 吸收/反射45.8 / 125.1 ns
吸收边界的出口通量更接近论文 186 ns，但论文文字称"接收端浓度"且未公开代码，因此只能作为边界解释推断，不能当成作者算法已被唯一恢复。
RISK & LIMITATION
当前不能跨越的结论边界
统计重复不足
KTTKS 与 CXP 当前都只有一条完整 D(z) profile，无法给出独立重复间标准误。
不是严格通透率
没有 PMF 或水—膜分配自由能，现有输出是 D(z)、平均 D 和简化扩散时间。
路径存在偏置
移动弹簧只负责生成各深度构型；视频不能解释成真实穿膜速率或自发事件。
不能判断化学断裂
固定拓扑可审计异常键长和构象变形，但不能模拟水解、氧化或真实共价键断裂。
NEXT DECISION
建议的下一阶段优先级
- KTTKS 证据：Gate 1–7 验收报告、100 ns 吸附分析、force-ACF 审计及 constant-D 扩散报告。
- CXP 证据：最终报告、逐窗口 D 汇总、选择持续性审计、结构完整性审计及真实 VMD 渲染。
- 所有结果均来自当前项目已有文件；页面未补造缺失实验或模拟数据。