# D570–A583 孤立表位 7×100 ns：相关性分析

## 结论

- 7 条环肽、每条 100 ns；实验终点统一采用论文的 direct-FRET Kd。
- 连续排序看 Spearman ρ；ρ 越接近 +1，计算指标越能把低 Kd 排在前面。
- 强弱分类预先定义为 Kd < 10 µM（4 条）对 Kd ≥ 20 µM（3 条）；AUC 越接近 1 越好。
- n=7 很小，p 值用 5040 个全排列精确计算；同时报告 8 项检验的 BH 校正 q 值。

## 主要结果

| 指标 | 有利方向 | Spearman ρ | 精确 p | BH q | 强弱 AUC | AUC p | 去除 IHWRW 后 ρ | LOO ρ 范围 |
|---|---:|---:|---:|---:|---:|---:|---:|---:|
| mean_epitope_coverage_fraction | 越高越好 | 0.595 | 0.170 | 0.453 | 0.833 | 0.114 | 0.812 | 0.348–0.812 |
| TIMP2_blockade_occupancy | 越高越好 | 0.595 | 0.170 | 0.453 | 0.833 | 0.114 | 0.812 | 0.348–0.812 |
| bound_like_population | 越高越好 | 0.468 | 0.290 | 0.463 | 0.750 | 0.200 | 0.667 | 0.145–0.667 |
| epitope_contact_occupancy | 越高越好 | 0.468 | 0.290 | 0.463 | 0.750 | 0.200 | 0.667 | 0.145–0.667 |
| ligand_pose_rmsd_median_A | 越低越好 | 0.306 | 0.512 | 0.683 | 0.667 | 0.314 | 0.464 | -0.116–0.522 |
| ring_internal_rmsd_median_A | 越低越好 | 0.144 | 0.760 | 0.800 | 0.333 | 0.800 | 0.261 | -0.203–0.486 |
| dominant_ring_conformation_cluster_fraction | 越高越好 | -0.126 | 0.800 | 0.800 | 0.417 | 0.686 | -0.116 | -0.812–0.058 |
| dominant_contact_fingerprint_fraction | 越高越好 | -0.721 | 0.079 | 0.453 | 0.250 | 0.886 | -0.754 | -1.000–-0.551 |

## 如何解释

- `bound_like_population`、`epitope_contact_occupancy`、`mean_epitope_coverage_fraction` 和 `TIMP2_blockade_occupancy` 都在描述界面持续接触，不应被当成四份独立证据。
- IHWRW 是关键影响点：它在孤立表位模型中长期贴附，但实验 Kd 仅列第 4。若去除它后相关性大幅上升，说明指标对起始姿势或孤立表位环境敏感，而非已经成为可靠的亲和力预测器。
- 构象簇占比和 RMSD 是稳定性/收敛性描述符，不直接等价于结合自由能；只有在本数据中显示稳定相关时才适合作为辅助项。
- 任一 p 或 q 未达 0.05 都不代表指标毫无信息；它表示 7 条样本不足以证明可泛化，应把结果定位为回顾性验证和后续筛选依据。

## 时间稳定性检查

将每条 100 ns 轨迹拆成五个互不重叠的 20 ns 区间后：

| 指标 | 20 ns 分块 ρ 中位数 | ρ 范围 | 正相关区间 | AUC 中位数 | AUC≥0.75 区间 |
|---|---:|---:|---:|---:|---:|
| bound_like_population | 0.252 | 0.036–0.829 | 5/5 | 0.750 | 3/5 |
| epitope_contact_occupancy | 0.252 | 0.018–0.727 | 5/5 | 0.750 | 3/5 |
| mean_epitope_coverage_fraction | 0.342 | -0.126–0.775 | 4/5 | 0.750 | 3/5 |
| TIMP2_blockade_occupancy | 0.342 | 0.162–0.829 | 5/5 | 0.667 | 2/5 |
| ligand_pose_rmsd_median_A | 0.396 | -0.036–0.685 | 4/5 | 0.750 | 4/5 |
| ring_internal_rmsd_median_A | 0.252 | -0.036–0.793 | 4/5 | 0.500 | 1/5 |

- 100 ns 累计结果中，表位覆盖率和 TIMP2 阻断占有率均为 ρ=0.595、AUC=0.833；但分块波动较大，说明精确排序尚未收敛到稳定答案。
- IHWRW 的表位接触占有率在五段中均为 1.000，bound-like population 为 0.934–1.000；它不是由某个短暂区间造成的离群点。
- dominant contact fingerprint fraction 与实验亲和力反向（ρ=-0.721）：弱肽 VEYSP 虽然接触很少，却可长期停留在一种重复的非理想接触模式。因此“姿势/指纹集中”不能脱离实际表位接触单独解释为强结合。

## 当前建议

1. **主动态证据**：保留 `mean_epitope_coverage_fraction` 与 `TIMP2_blockade_occupancy`；它们对强弱分组最有用，但高度相关，只算一类界面证据。
2. **辅助动态证据**：`bound_like_population` 或 `epitope_contact_occupancy` 二选一；两者在本数据上的秩完全相同（ρ=1.000），不应重复加权。
3. **诊断项**：保留 ligand pose RMSD 查看是否离开初始位点，但不直接当亲和力分数。
4. **暂不用于排名**：dominant contact fingerprint fraction、dominant ring-conformation cluster fraction、ring internal RMSD。
5. **不建立拟合模型**：只有 7 条样本，且 8 个特征高度共线；此时回归或机器学习会严重过拟合。先用强弱筛选，再结合静态能量指标复核更合理。

## 数据与复现

- 输入：`../isolated_epitope_100ns_summary.csv`
- 详细结果：`correlation_results.csv`、`correlation_results.json`
- 界面指标冗余：`interface_metric_redundancy.csv`
- 20 ns 分块结果：`time_block_correlations.csv`
- 累计时间结果：`cumulative_correlations.csv`
- 时间稳定性汇总：`time_stability_summary.csv`
- 复现：`python3 analyze_correlations.py`
- 时间稳定性复现：`python3 analyze_time_stability.py`